Eksplorasi di kawasan mangrove Teluk Gilimanuk, Teluk Terima dan Teluk Banyuwedang, TNBB berhasil menemukan 23 jenis herpetofauna (meliputi 21 jenis reptil dan 2 jenis katak) yang tergabung dalam 11 suku. Katak Rana chalconota dan Limnonectes cancrivora ditemukan pada genangan air tawar di sekitar Teluk Terima pada malam hari. Sedangkan kodok Bufo melanosticus ditemukan di ketiga lokasi survei pada malam hari.
Ular king kobra (Ophiophagus hannah) dan ular senduk (Naja sputatrix) walaupun memiliki habitat yang berbeda, namun keduanya termasuk ular yang sering ditemukan oleh masyarakat setempat. Ular weling, Bungarus candidus hanya ditemukan di Teluk Terima, namun menurut keterangan masyarakat lokal ular ini juga dapat ditemukan di ketiga lokasi penelitian. Ular Trimeresurus albolabris tergolong jenis ular berbisa yang dikenal oleh masyarakat lokal dengan sebutan lipi gadang/lipi tabea termasuk umum dan mudah ditemukan di TNBB. Spesimen ular ini diperoleh dari Banyuwedang pada siang hari. Ular Dendrelaphis pictus dan Ahaetulla prasina ditemukan di ketiga lokasi survei pada siang hari. Pada malam hari ular ini biasanya beristirahat pada ranting pohon seperti halnya ular Lycodon aulicus. Ular Ptyas mucosus termasuk ular tidak berbisa, ukuran ular dewasa dapat mencapai sebesar lengan orang dewasa. Di Jawa ular ini banyak diburu karena mempunyai nilai ekonomi tinggi, dagingnya dikonsumsi dan kulitnya untuk bahan baku kerajinan.
Ular mata kucing atau ular mangrove (Cerberus rynchops) yang merupakan predator ikan dapat ditemukan di ke tiga lokasi survei. Phyton molurus termasuk jenis ular yang dilindungi perundang-undangan RI, spesimen ular ini diperoleh dari Teluk Terima. Ular ini termasuk jenis yang sering ditemukan di Bali Barat, sebaliknya ular sanca batik (Phyton reticulatus) agak jarang ditemukan. Sanca kembang merupakan jenis ular yang terus diburu untuk diambil daging, kulit atau sebagai binatang peliharaan.
Sejenis ular laut (Hydrophis sp.) ditemukan di ke tiga lokasi survei pada sore hari di pinggir pantai. Jumlah ular yang ditemukan tidak lebih dari 3 individu pada setiap lokasi yang disurvei.
Tiga jenis kadal yang umum ditemukan adalah Eutropis multifasciata, E. rugifera, Lygosoma qudrupes. Namun yang paling sering dijumpai adalah kadal kebun (E. multifasciata). Jenis tokek dan cicak yang ditemukan adalah Gekko gekko, Cyrtodactylus fumosus, Gehyra mutilate, Hemydactylus frenatus. Tokek (Gekko gekko) termasuk binatang yang umum dan paling sering ditemukan di semua lokasi yang disurvei.
Hanya satu jenis kura-kura yang ditemukan, yaitu Coura amboinensis di Teluk Gilimanuk dan Banyuwedang. Kura-kura ini banyak diburu dan diperdagangkan sebagai binatang peliharaan. Sedangkan biawak (Varanus salvator) dengan mudah ditemukan di pantai dan mangrove TNBB. Biawak ini memiliki nilai ekonomi tinggi terutama kulitnya yang dipergunakan sebagai bahan baku kerajinan.